目前尚无足够资料确定氯为致癌物。微生物污染是食源性疾病最常见的致病因素。自然界的水天然含有各种细菌，再经过管道系统传送到家家户户，如果不进行灭菌处理的话，就成了“细菌培养液”。目前最常用的灭菌手段是加氯。通常，把氯气或者二氧化氯通入水中，形成次氯酸和次氯酸根，它们具有超强的氧化能力，能够杀灭多种细菌。氯气、二氧化氯、次氯酸、次氯酸根都不稳定。在光照、加热等条件下，会进一步转化成盐酸、氯酸，也会形成少量的其他含氯化合物。在自来水中会留下很少次氯酸和次氯酸根，来实现对细菌的抑制。换句话说，自来水中需要一定的“余氯”存在才能保证自来水在输送过程中的安全。

国际癌症研究中心(IARC )在“致癌分类”中，把氯分为“第三类”和咖啡因同级，意为“目前尚无足够资料来确定该物质是否为人类致癌物”。如果吞下少量含氯漂白剂，会刺激食道、口腔、喉咙以及导致呕吐。不过自来水中的余氯远远达不到那个剂量。

而直接用氯处理的水进行的动物实验和人体实验，都显示了很高的安全性。比如1982年发表的一项人体试验，每公斤体重0.34毫克的剂量下，也没有观察到任何不良反应。这个剂量是试验中使用的最高剂量，所以不清楚到底要高到什么剂量才会出现不良反应。不过，它已经大大高于人们可能从饮食中摄入的氯了。而根据我国关于自来水的国标《生活饮用水卫生标准》，自来水中的余氯最高限值4 mg/L，西安自来水中余氯含量0.32-0.70mg/L。

只要没有闻到或者尝出自来水中的氯味———这种令人不愉悦的刺激性味道，就不用担心其中的余氯。就算是其中有一点余氯，在蒸煮东西时，也会主要分解成氯离子、氯酸根和氧气。前两者不会蒸发，后者不会影响健康，担心有氯“包覆在食物上”从而对人有害，是不科学的。